В святом месте расположились Киевские духовные школы. Начиная с 1051г, когда прп.Антоний принес с Афона основы иноческой жизни, и до наших дней Киево-Печерская Лавра продолжает играть большую роль во всех сферах культурной и духовной жизни русского народа. С древних времен Лавра явилась оплотом просвещения славян, и в наше время играет большую культурно-историческую и просветительную роль во многом благодаря действующим в ней духовным школам.
Библиотека начала свое существование в  18 веке одновременно с открытием Киевских духовных школ. С рассветом научной деятельности Академия начинает улучшать свое материальное положение и украшаться. Этим она во многом обязана благотворителям, которые на свои средства построили храм, просторный корпус для аудиторий, вмещавший 1000 мест, их стараниями развивалась и библиотека.
 Фонды библиотеки составлялись пожертвованиями как священноначалия (Киевских митрополитов Гавриила Кременецкого и Самуила Миславского, Казанского митрополита Вениамина Бантыша-Каменского, митрополитов Серапиона и Евгения), так и гражданских лиц (графа Потоцкого, помещика Келембетова и многих других).
На протяжении 18-19 веков библиотека постоянно пополнялась новыми поступлениями, многие из которых представляют особый исторический и научный интерес. В 1865г. в библиотеку поступила коллекция рукописей Барсова Е.В., в 1874г. – рукописи и старопечатные книги из Почаевской лавры, в 1879г. – старопечатные книги, отобранные у воссоединенных униатов Седлецкой губернии.
Библиотека КДА и С значительно обогатилась благодаря передаче в ее фонды личных библиотек (Муравьева А.Н., прот. Понятовского Е.П. и прочих видных деятелей) и  в начале 20 века располагала большими фондами. Количество книг и прочих изданий ежегодно увеличивалось. Согласно «Отчету о состоянии Киевской Духовной Академии», фонды библиотеки в период с 1888 по 1909г. пополнились 43122 томами. В последние годы перед закрытием библиотеки советской властью на ее балансе состояло:
- печатных книг и брошюр свыше 100000 томов;
- 937 рукописей;
- 89 актов и грамот;
- 365 атласов;
- 356 наименований учебников;
- 764 периодических изданий, среди которых 98 – церковных.  
В 1918г. все четыре духовные академии Русской православной Церкви, в числе которых и Киевская, были закрыты. В том же году была упразднена и библиотека Киевских духовных школ. В эпоху воинственного атеизма библиотека понесла значительный урон, большая часть ее фондов была рассредоточена между государственными библиотеками.
Активная работа библиотеки возобновлена со времени открытия Академии и Семинарии в 1989г. С тех пор существенно пополняются фонды, ведется диалог с государственными библиотеками о возврате всего объема книг обратно в КДА и С. Значительная часть книг была пожертвована г-ном Струве Н.А.
В 2005-2006 учебном году  в библиотеку поступило 2385 новых единиц хранения. Стараниями библиотекарей были расширены площади книгохранилища, произведен ремонт читального зала и архива.

В состав библиотеки входят книги преимущественно церковно-исторического содержания. В библиотеке имеются алфавитный и систематический каталоги книг и периодики, а также регистры  дипломных и кандидатских работ.
 Систематический каталог состоит из 58 рубрик, доминирующее место среди которых занимают богословские дисциплины (экзегетика, догматика, основное, нравственное и сравнительное богословие, литургика, гомилетика, патрология и проч.), церковно-исторические (библейская, всемирная и общецерковная история, история Русской Церкви и других поместных православных церквей). Широко представлены многие гуманитарные дисциплины (философские и филологические науки, этика, эстетика, психология, логика, педагогика, теория литературы и проч.). Имеются справочные и энциклопедические издания, книги на разных языках, художественная литература отечественных и зарубежных авторов.
В фондах библиотеки содержится полный комплект богослужебных книг и нотных сборников, используемых учащимися при совершении богослужений в академическом храме Киевских духовных школ.
В библиотеку поступают различные периодические издания всеукраинского и регионального значения, а также периодика из стран ближнего и дальнего зарубежья (Россия, Белоруссия, Франция). Имеются систематические указатели статей. Из церковно-религиозных журналов и газет следует особо отметить следующие издания Киевской митрополии: «Вестник пресс-службы УПЦ», «Православный вестник», «Церковная газета». Имеется полное собрание «Журнала московской патриархии» с начала его издания.
Некоторые периодические издания представляют особый исторический и научный интерес: труды КДА (начало выпуска – 1839г.), периодика с начала 19 века («Христианское чтение», «Странник», «Православное обозрение», «Православный собеседник», «Чтения в Церковно-археологическом обществе»).
В библиотеке собрана обширная аудио- и видеотека, записи фильмов и лекций библейской, церковно-исторической, агиографической, богословской и миссионерской тематики.
Под руководством зав.библиотекой Коваля Андрея работу библиотеки и читального зала обеспечивают студенты и воспитанники Киевских духовных школ.